《潘神的迷宫》在叙事结构上基本有两条线索平行前进:小女孩Ofelia的瑰奇想像世界与她所身处的灰暗现实世界。Ofelia在这两个世界中穿梭,是将两条本不想交的平行线连接起来的桥梁,每当场景从一个现实进入另一种现实之时,魔幻现实主义的真假转换要素就开始发挥作用了,幻像愈美好,现实就被凸显得愈加残酷。
电影的结尾,Guillermo del Toro让Ofelia在被害后进入了潘神描述的童话王国,这简直就是故事的神来之笔。正因为这个最明显的暗示,才使得魔幻现实主义手法运用上传统的魔幻为现实服务的概念被彻底颠覆,魔幻的比重被大大提高,第一次站到与现实同等的地位上自成一体,甚至可被解释为故事的主线,是物理意义上的真实。